Os programas de Pós-Graduação da USP tem o apoio de agências financiadoras de pesquisa e formação de recursos humanos, que são: CAPESCNPq e FAPESP,  que oferecem bolsas de estudos aos alunos matriculados.

A Pós-Graduação do Programa conta com o apoio de bolsas de estudo da CAPES/PROEX (08 bolsas), CNPq       (4 bolsas), conforme seus próprios Critérios e requisitos para concessão de bolsas (pdf). Os recursos provenientes da taxa de bancada de bolsas CNPq poderão ser utilizados conforme as Informações para utilização da Taxa de Bancada (pdf).

Os alunos devem fazer a sua solicitação de bolsa no período de matrícula através de formulário específico e entregar na secretaria do Programa.

O Comitê Gestor/PROEX do Programa é responsável pela seleção, concessão e o acompanhamento dos bolsistas. 

Aos bolsistas do Programa PROEX é obrigatório o estágio de docência, Programa de Aperfeiçoamento de Ensino - PAE, parte integrante da formação do pós-graduando, objetivando a preparação para a docência, e a qualificação do ensino de graduação. A partir, da 1ª solicitação de renovação de bolsa será verificado se o aluno está cursando e/ou realizando o estágio de docência.

As bolsas oferecidas pela FAPESP são concedidas diretamente para o aluno, mediante solicitação do orientador.

A  CAPES e o CNPq através de programas específicos oferecem bolsas para que os doutorandos possam desenvolver parte do seu trabalho de tese em instituições estrangeiras.

Dentre os programas específicos os orientandos poderão realizar o Programa Institucional de Doutorado Sanduíche no Exterior (PDSE) pela CAPES.

A Universidade de São Paulo através de parceria com instituições estrangeiras os alunos de doutorado, poderão preparar a tese visando a dupla titulação

O programa participa do Programa Nacional de Pós-Doutorado (PNPD) da CAPES que tem por objetivo promover a integração de pesquisadores brasileiros e ou estrangeiros, em estágio pós-doutoral, a participar de projetos que estão sendo desenvolvidos pelos orientadores do Programa. Este tem duas bolsas de 12 meses, podendo ser renovada anualmente até 60 meses. 

Informações sobre a Portaria CAPES nº 206, de 04 setembro de 2018, dispõe sobre obrigatoriedade de citação da CAPES